药师佛讲解如何修行的第四、五、九愿：
第四大愿为“导入大乘愿”：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立之。
药师如来在因地发愿说：若有不信善恶因果，否认三宝功德，做种种罪恶的诸有情，舍正途而入邪道者，当我成佛时，悉皆令其舍离邪道，摆脱恶趣，永远安住在菩提道中。这是药师佛希望我们都能成佛，如果有情众生、误入邪道时，只要祈求药师佛加持，药师佛绝不会放弃不顾，还有小乘修行者，药师佛也会帮助他们发菩提心修菩萨道。
第五大愿为“得戒清净愿”：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具三聚戒；设有毁犯，闻我名已还得清净，不堕恶趣。
设若有无量无边那么多的有情众生，于我药师如来正法中，修行我所指示的梵行，这是最佳行径（梵，译为净。梵行是一切清净行，又说佛所制的戒行，名为梵行），在药师法门中修行、受戒，不论是比丘戒、沙弥戒、五戒（不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不饮酒）或菩萨戒，凡参加过药师法会，听闻药师圣典，称念药师佛名号的众生，都可以使他们得到圆满的不缺戒。因为皆以大乘安立众生，不但使众生不缺戒，而且还要使他们统统具足大乘菩萨的三聚净戒（指摄律仪戒：大小乘一切戒律均摄护之，使断绝一切诸恶；摄善法戒：总摄一切诸善功德，修行一切善事；摄众生戒：又名饶益有情戒，广度无量无边的一切众生，无一众生不度）。
第九大愿为“弃邪归正愿”：愿我来世得菩提时，令诸有情出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
佛令众生从魔及外道的黑暗中，奔向光明正法。外魔的恶见力量极大，倘若不曾在佛法中得到不退转，那就有受外魔所转的可能。药师如来因地发愿说：来世证得大菩提时，要令许许多多陷入于魔网中的有情，皆得出离恶魔的罗网，亦令受诸外道所缠的有情，皆得解脱一切外道缠缚，不受纠缠。这第四、第五、第九愿，都是讲我们修行上的问题，或因修小乘没发菩提心，或因持戒犯戒，不够清净，或因恶缘跟随邪师学歪法（如学“FL功”），这都会得到药师佛指点改正加持。