藏经阁，水陆内坛，顾名思义，是寺院收藏三藏十二部经的一个楼阁，也是寺院最神秘的一个地方，因为那里有无尽的智慧和宝藏。

石室禅院的藏经阁，位于琉璃宝塔的第七层，主要也是供奉三藏十二部经，尤其是大藏经（法宝），为镇塔之宝。同时也供奉高僧舍利子（即供养僧宝，与供养1.5米高的琉璃药师佛像一起，具备供养佛、法、僧三宝的功能），及摆放各种佛教艺术珍品。尤为殊胜的是在藏经阁内，供奉有一尊1米多高的琉璃药师佛像，此亦为目前国内特大的一尊琉璃药师佛造像。

乘坐电梯青云直上，犹如平步青云，登临塔顶，风光无限，四周景物，尽览无余。

“藏经阁”匾字由时任中国佛教会会长传印长老所题。