【书院缘起】厦门市石室书院座落于药师佛道场石室禅院内，石室禅院创建于唐垂拱二年（686年），是闽南地区最古老的寺院之一，南枕玳瑁群山，北望灵鹫山峰，放眼海天水阔，院内古木盈翠，金桂玉兰飘香，环境秀丽幽雅。从明代开始在石室禅院附近就有著名的华圃书院与文圃书院。
石室禅院于2000年成立厦门市石室禅院慈善会，每年都有举行中国传统文化推广活动。因缘聚合，于2015年由石室禅院发起成立了厦门市石室书院；石室书院的成立更使石室禅院成为海峡两岸集学修、教育、弘扬国学为一体的综合性人文景观及重要的文化交流基地。

【书院愿景】为了推动社会传统文化大发展大繁荣，促进海峡两岸的学术研讨与交流。书院将凝聚海内外各大知名院校的教授、专家学者，传承和弘扬中华传统文化，推广与发展健康教育。扎根厦门，深入社区，辐射全国，惠及海内外，结合传统文化精髓与现代发展理念，以家庭和社区为单位，开展各类文化和健康教育课程及活动，共圆中华民族伟大复兴的中国梦！

【书院理念】书院本着“学习经典、开启智慧、完善品格、成就人生”的精神，以“知恩感恩、净心悟心、惜福培福”为理念，致力于儒、释、道中国传统文化的学习、交流与互动。恭迎众多国学爱好之士一起弘扬中华优秀传统文化，共同见证国学思想在中华大地上再展新枝！

【书院宗旨】书院以“效仿佛陀慈悲，弘扬药师精神”为宗旨，积极发展国学养生及身心健康修学，大力弘扬传统文化，推动时代精神创新。

【书院发展方向】
一、组织国内、外知名专家学者深入社区推广优秀的传统文化教育，开展中医、佛医、武术、禅茶等养生文化健康知识的修学活动。
二、与电视台及新媒体合作推广国学养生栏目，更好的传播国医文化、践行大健康理念。
三、与国内、外各慈善机构合作，开展针对青少年健康、教育等相关公益活动。
四、与国内、外知名高校联合举办各类文化及养生健康高级研修班。
五、针对现代人各类亚健康状况，开办禅修班。