药师佛道场石室禅院，坐落在美丽的厦门市海沧区玳瑁山山麓，地处全国最早最大的台商投资区——海沧台商投资区、新阳工业区内，地理位置优越，交通便利，是首批区级文物保护单位。始建于唐垂拱二年（686年），乃是闽南刚开发时最初建的一批寺院之一。古刹历史上几经兴废，于宋、元、明、清、民国经过多次重修。元代曾由晦庵和尚主持，重建梵宫、僧房，塑佛像，宛然名刹。明朝隆庆年间，由漳州芝山开元寺高僧云轩和尚主持，建法堂、山门和廊庑，周围筑墙，焕然一新......鼎盛时“殿构三重，拓僧舍六十有四”。清朝光绪年间，曾由朝廷下圣旨嘉奖本寺药师佛显灵灭除瘟疫的事迹。院内有多块石碑记载这些历史。

1989年，宗教政策落实后，在霞阳等村众姓居士努力下，寺院开始重现香火。1997年，忠明法师从闽南佛学院本科毕业，受市佛协委托，兼当地政府、居士礼请，来本寺任住持，彼时寺院仅余护法殿（旧大殿）及左右两边厢房。法师驻寺后，乃发起重兴药师佛古道场之宏愿，内重自修，举办各种法会，外重弘法，积极促进与各界交流。2004年5月起，在广大信众支持下，法师带领大众陆续重修大雄宝殿、福寿楼、福慧楼、斋堂、讲堂、禅堂、坛城、云水堂、地藏殿、琉璃宝塔、祈福钟殿、钟鼓楼、内外山门、护法殿、三宝楼。建成之后，寺院占地逾百亩，殿塔楼阁错落有致，古树黄墙交相掩映，梵音袅袅，香客如织，千年古刹得以重焕生机。

现今，寺内不仅配套有功能完善的殿堂及现代化设施，各项弘法修行法会不断，还先后成立了厦门市海沧区石室禅院慈善会、厦门市石室书院（海峡两岸交流基地），持续在社会公益慈善领域、以及海峡两岸文化交流中，发挥着积极作用。使其成为集弘法学修、朝山览胜、慈善教育、文化交流为一体的综合性寺院和独特人文景观。