进入石室禅院，看到的第一座建筑物，便是石室禅院的山门。山门，指的是寺院正面的楼门，亦是对寺院的称呼。因为以前寺院多筑于山林之间，故以山门为寺院的别名。设山门的目的，不仅在于彰显道场的神圣庄严，器宇不凡，更重要的是为了避开市井尘俗的喧嚣，远离名利场中的种种欲望，保持佛门清净无染的形象。

石室禅院的山门，分为外山门和内三门。外山门为牌坊式石雕山门，四根石柱仿佛陀四圣地的阿育王石柱（现为印度国徽）而建，代表佛陀的诞生、成道、转法轮、入涅槃。每根石柱顶上，各有四尊狮子，面朝四方，威风八面。正面石柱上刻着本寺住持忠明法师撰写的一副对联：“石磬灵山圣境金桂沁心幽静禅。室馨药师道场玉兰飘香证果院。”背面石柱对联为："阿育王立狮柱扬菩萨道遍百干国土，三归岭建道场修药师法度万亿众生”。