药师法门，是消灾延寿法门。我们修学药师法门，具足种种不可思议的利益，不仅可以得男女、富贵、长寿、官位，最重要的是让我们消灾免难，平安健康，临命终时得大解脱。

药师法门的精髓，也是我们药师法门的行持守则，就是药师佛在因地发下的十二大愿。参加药师专修法会，就是要学佛之人清净身心，学习佛的行持，与药师佛道交感应，这才是真正意义上的学佛。

法会分两个坛城，一个是药师密坛：坛城按《药师经》仪轨设制，修法者必须是已皈依的佛教信众，必须提前一天素食及过午不食。从早6点开始至晚9点结束。每天程序依次为：忏悔礼拜药师佛；诵《药师经》7部；药师普供、念佛经行、祈愿礼佛；供养修法法师；放生护生；听闻药师法门开示讲解；修持药师禅定。每天重复上述修行课程。法会开始前一天须举行洒净结界仪式，结束后举行药师法圆满灌顶仪式。

参加药师密坛修法且要打十二药叉许愿结者，还需每天完成1080遍药师咒、礼拜药师佛108遍，念“那摩药师琉璃光如来”佛号4900遍，诵《药师经》4部打一个药叉结，至49部时把前后两头五色缕结在一起，法会结束后，将此许愿结卡放置洁净庄严处，满愿后再到寺院解结还愿。凡结“十二药叉许愿结”者，需要7昼夜都住在寺院修法中心宿舍内，不得离开结界范围。若是举行药师法门精进专修法会，修法者禁止携带任何通讯设备，并全程禁语。

其次是在大雄宝殿内，每天早中晚由法师带领诵读《药师经》一部，及念佛经行。上午供佛，中午过堂，下午施食蒙山资食鬼神。随喜参加人员按规定根据自身情况择时参加以上法会。专修法会皆以七天七夜为基本的专修时间，最长则可连续进行四十九天。石室禅院从2004年开始，每年都于五一与十二月举办两次药师专修法会。