（一）身口意要清净，即修法前一天必须斋戒沐浴，换干净衣服，衣服不要过短，不能裸露身体，在密坛最好穿海青，此即身净。不食荤腥肉食，不杂语乱笑即口净。一心诚敬，不放逸，即意净。
（二）放生、供僧、印《药师经》
修法期间可请亲人朋友帮忙拿钱财到寺院供斋供僧。随喜出资印《药师经》，只要把钱交给寺院，讲明此款是印经款就可以，不必一定要看到自己的名字印在《药师经》上。每天放生至少四十九条命物，一期必须放三百五十条左右命物，这也可请别人帮忙，或出资捐给寺院，讲明此为放生款，不一定要寺院马上放生，以后寺院做法会一起放生也很好。
（三）每天必须完成的功课：
1.礼拜药师佛108拜；2.念诵《药师经》7部；3.中午药师普供；4.持诵药师咒1080遍；5.念“那摩药师琉璃光如来”佛号4900遍。
（四）结十二药叉许愿结：
1.用硬纸片打印上十二药叉名字，最好用蓝色硬纸。打印或写十二药叉大将名字时，一定要从右边竖写开始，像经文一样，从右到左，从上到下，纸张可大可小，最好过塑一下。在这张写有十二药叉大将卡四周均匀地打12个洞，可用打孔机打，不要打到药叉大将的名字上。
2.准备好五色线，可到佛具店请，没有现成五色线，那就买红黄蓝黑白五种线搓起来一根。五色线长大概要许愿卡周长两倍半，以7为一个基本单位。
3.诵四部《药师经》，在十二药叉许愿卡上打一个五色线结。第一个要对准宫毗罗大将上方洞打一个结。第一次五色线一头必须留长一点，以便能念完49部经时与另一头五色线打结连贯起来。
4.每诵四部经顺时针打一个结。十二药叉打12个结。最后一部即第49部结束后把五色线两头连起来打蝴蝶结或活结，到愿望达到时可顺利解开。
5.四部《药师经》诵完，拜药师佛三拜，再拿起许愿结奉到眉中间，念十二药叉大将名一遍，接着一边打结一边要念打到该药叉结的药叉大将的名字，念时都必须在药叉大将前加“那摩”两字。
6.打好结后再放回供桌前，合掌讲明此次修法要许的某某愿（只能许一个愿），祈请十二药叉护持能圆满成功，此愿成功后怎么感恩三宝，如印经、放生、持斋戒、诵经持咒、布施供养，或修几期药师专修法会回向。若满愿后，在佛前所许之愿一定要还愿。
7.修法结束，把十二药叉许愿结卡放到红包内或用纸包起来，再把所求之事写在纸上与卡结放在一起，放在佛堂或别人摸不到的干净的地方。所求之事成功后，一定要解药叉结。
8.如何解开十二药叉结。所求之事如愿以后，一定要如法解开十二药叉结。把所结十二药叉结请到药师佛像前，或到寺院殿堂，礼佛三拜，感恩药师会上佛菩萨加持，让自己心愿满了，并讲一遍此次所结药叉结的事情。然后从最后一个药叉，即毗羯罗大将开始逆时针解开五色线结（因为结时是顺时针，解开时就从最后一个药叉开始）。毗羯罗大将，招杜罗大将，真达罗大将，摩虎罗大将，波夷罗大将，因达罗大将，珊底罗大将，頞你罗大将，安底罗大将，迷企罗大将，伐折罗大将，宫毗罗大将。倒序念诵十二药叉大将名号，念一个解一个结。
全部解完之后再把十二药叉大将卡片与五色线放进红包袋或信封，再放回佛堂里，如下次修药师法门要打结许愿时，又可以再使用。或者送回药师佛道场的寺院，给大众修法用。
解开药叉结之后再礼佛三拜完毕。