闭关最初源于南传佛教的“洞窟修行”，即修行人放下万缘，独自在洞窟内经年修行，后演变为专指修行者在特定时间内独自修行，并有克期取证的目的和意义，同时闭关又有使修行人关闭眼耳鼻舌身意六根，远离所对应的色声香味触法六尘染污的含义，让我们身心得到清净自在，不受外界干扰，安心专注于持咒、念佛、诵经或禅修等修行功夫上。如此日夜积累慢慢功夫成片，自行悟得佛知见，契证佛法。“药师清净精进关”顾名思义，其为在关房内修持药师咒、念药师佛号、修持药师禅定的法门。所谓清净精进关者，即是依《药师经》：“七日七夜受八关斋戒，食清净食，澡浴香洁，著清净衣，应生无垢浊心，无怒害心……复应念彼如来本愿功德……”，其中“食清净食”即是只能饮用白开水才为真正清净食。依“应生无垢浊心”即只有关闭外界一切外缘染污，才是真正精进修行。如此奉行一日一夜或三天三夜、或七天七夜即为“药师清净精进关”。由于此修法能速断众生烦恼，提升修持功夫，故石室禅院将不定期举办“药师清净精进闭关实修法会”。法会由主法大和尚亲自任主法导师，以期通过如法实修，在药师佛及诸佛菩萨、护法神将庇佑下，令修法者解除身心烦惑，开显本性光明智慧。
具体修法：入关前在药师密坛内，由主法大和尚为每位修法者予以药师密咒灌顶加持，以期在修法期间得到药师佛及诸药叉大将护佑；为每位修法者提供单独关房各一间，关房内不得使用任何照明设备，以期关闭色尘染污，只提供手电筒用于上卫生间方便；闭关期间不得洗漱，入关后前三天全断食，在关房内只能精进持念药师佛号或药师灌顶真言，每天提供充足的饮用净水，前三天全断食完成后，所余四天内每天将提供一个水果，七天内都将提供充足的饮用净水，关房门锁由修法者自行控制，若不能坚持完成时，可随时出关结束修法；修法者在修法期间若有疑问或要求，可书写在纸条上从门缝中传递与护关法师，以便得到及时回复或指导，出关后修法者稍作休息便到药师密坛集合，在主法大和尚的主持下做集体回向，圆满结束一期之修法。
伍
药师精进关
此类修法与“药师清净精进关”区别在于修法者在关房内不限制其照明设施的使用，闭关期间可以正常起居洗漱，修法期间全程禁语，禁止擅离各自的关房，入关前亦由主法大和尚在药师密坛内，为每位修法者予以药师密咒灌顶加持，以期在修法期间得到药师佛及诸药叉大将护佑，同时主法大和尚还将为其传授八关斋戒，每位修法者单独于一间关房内，每天必须念诵药师咒七千遍或药师佛号四万九千遍，或诵《药师经》三十部。
持诵方式随己方便，每天早、午餐皆由护法义工送餐至关房外，禁止闭关者擅自到斋堂用餐，修法者在修法期间若有疑问或要求，可书写在纸条上从门缝中传递与护关法师，以便得到及时回复或指导；修法者经七昼夜修持出关后，将稍作休息便到药师密坛集合，在主法大和尚的主持下做集体回向，圆满结束一期之修法。
此类闭关旨在令参加闭关者通过不间断念诵药师咒或药师佛号或《药师经》，达到与药师佛本愿誓海融为一体，进入殊胜妙乐的药师禅定境界。
陆
药师般舟三昧法会
般舟三昧又名“佛立三昧”或“常行三昧”，为佛法八万四千法门之一，也是佛门中一种克期求证的修行方法。此法出自《佛说般舟三昧经》：般舟者，常行道之意；三昧者，正定、正受之意。《华严经》中，善财童子五十三参第一参，就是参访吉祥云比丘，即德云比丘，德云比丘教善财童子修的念佛法门，就是般舟三昧。
修持药师般舟三昧，必须是一直站着念佛或绕佛经行，不能睡觉，除吃饭、上卫生间外，需不间断地经行念佛，因而这个法门常人很难做到，必须得发勇猛心，把生死置之度外，就像古代寺院打禅七一样，入禅堂者，必须得先向常住告生死假。此法若能修成，定可见三世诸佛立于眼前，佛身高广，遍满虚空。
石室禅院药师般舟三昧法会，为一日一夜不间断地经行念佛，最基础的修法，当然也是依教奉行，《药师经》云：“昼夜六时，礼拜行道，供养彼世尊药师琉璃光如来。”参加修行者须能克服身心困乏，放下万缘，心系一句“那摩药师琉璃光如来”佛号，整个二六时中，修法者精进念佛、念法、念僧，忏悔宿世诸业障，虔诚祈求药师佛慈悲救度，以一步一佛号，行持在人天长夜里，高擎法柱，大行解脱之道，令诸见闻者，悉蒙法意，得大自在。
此类修法与“药师清净精进关”区别在于修法者在关房内不限制其照明设施的使用，闭关期间可以正常起居洗漱，修法期间全程禁语，禁止擅离各自的关房，入关前亦由主法大和尚在药师密坛内，为每位修法者予以药师密咒灌顶加持，以期在修法期间得到药师佛及诸药叉大将护佑，同时主法大和尚还将为其传授八关斋戒，每位修法者单独于一间关房内，每天必须念诵药师咒七千遍或药师佛号四万九千遍，或诵《药师经》三十部。
柒
药师佛烟供施食法会
药师烟供依《药师经》中烧香供佛而设：“以诸香花、烧香、涂香，作众伎乐，供养形象。”“散种种花，烧种种香”。“散杂色花，烧众名香，病得除愈，众难解脱”。
法会由主法大和尚领众诵持《药师经》与药师咒，以殊胜药师施食仪轨，将各种鲜花、各种香料、五谷杂粮、香油、中药材、茶叶、水果等近百种妙香供品祈请药师佛加持，通过烟供把食物焚化成香气烟雾上供十方诸佛菩萨，中奉诸圣贤者，下施六道众生。首先是洒净结界，陈设供养施食台，祈请药师佛与会上诸佛菩萨降临坛城；再由法师在琉璃塔坛城内一心持诵变食咒和药师咒；同时与会四众依次将全部供品投入火台，令其化为火焰或香烟升空供养此药师会上诸佛菩萨、龙天护法及各趣鬼神。药师烟供对中阴身以及饿鬼道的众生和累世冤亲债主有很大的帮助，可以免除饥渴之苦，对于亡故的亲人也有很大的帮助，同时回向与十方法界一切众生，令其除障增慧。最大的利益则在我们现世凡夫，通过烟供布施功德来消除我们自身业障，长养我们的慈善心，累积福德资粮，舍去我们各种执著、贪欲、烦恼、不满足感。
通过药师烟供祈求精进修行，发菩提心，行菩萨道，好运财运自然随行，并以此供施功德、祈佛菩萨加持让世界经济顺利发展，祈愿世界和平，国富民强，海峡两岸人民得以和谐安乐健康，冤亲债主离苦得乐。