药师佛道场石室禅院始建于唐垂拱二年（686年），乃是闽南刚开发时最初建的一批寺院之一。清朝光绪年间，曾由朝廷下圣旨嘉奖本寺药师佛显灵灭除瘟疫的事迹。院内有多块石碑记载这些历史。

进入石室禅院，看到的第一座建筑物，便是石室禅院的山门。石室禅院的山门，分为外山门和内三门。