我们修学药师法门好像女性较多，当然现在情况是进佛门也是女性为主，药师佛也知道女性特别容易来学修药师法门，所以本经多处讲到女性与药师法门的关系。
第八大愿就是“转女成男愿”：愿我来世得菩提时，若有女人为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
药师如来在第八大愿说：愿我于未来世中，证得无上大菩提时，在我世界中的每一个众生，都具有大丈夫相，没有男女性别。设若有些女人，因为女身的百恶而深感苦恼，一心厌离，诚愿舍弃女人之身，摆脱无比的苦难，当她们听到我药师佛的名号，并一心称念，礼拜供养，一切皆得转女成男，具足大丈夫相，由此继续修学大乘菩萨行，乃至证得无上菩提。包括后面讲到“若是女人，得闻药师佛号，至心受持，于后不复更受女身”，经文上特别提出这一转女成男愿，还讲到孕妇“临当产时，受于极苦，若能至心称名礼赞恭敬供养彼如来者，众苦皆除，所生之子，身份具足，形色端正、见者欢喜、利根聪明、安隐少病，无有非人夺其精气”。在座的许多女居士应该也知道做女人的烦恼，包括身体与心理的烦恼，那么祈求药师佛可以让你们满愿。
第一满愿方法：临命终时能够生到净琉璃世界去，那里全部都是男身，全部都是相好庄严，犹如药师佛一样，这个是药师佛愿力加持！
第二满愿因为有奉行药师本愿的缘故，第二生能够转女成男，也能够转丑陋为庄严。比如弘扬药师佛法门的玉琳国师，他前生是矮小又驼背的，这一生就智慧广大，相好庄严，成为顺治皇帝的师父。现在很多国家的元首是女王、女总统，这些都是女性大丈夫，比男人有福报与智慧。我们慈善功德会里发心菩萨很多是女菩萨。
第三满愿是从修行角度来讲，如果一个心胸广阔，有菩提心，做事无我利他，修法相应，虽然她外相上是女相，但实际上是大丈夫。反过来说，如果一个人内心悭贪嫉妒，自赞毁他，好喜乖离，更相斗讼，扰乱自他，虽然外相上是个男人，但实际上他是比女人还不如。所以从修行上来说，我们也要转女成男，清除内心小人之见，转为光明磊落，心胸坦荡，就是转女成男！世俗中常讲到生了小孩后，妇女能否马上去寺院敬香礼佛的问题。依《药师经》开示，在生小孩时都可以念诵药师佛号，更何况产后去寺院上香。印光大师也取此经文破除世人产妇污秽不能念佛拜佛的邪知歪见。
大家经常喜欢念那摩消灾延寿药师佛。你看这哪是念佛啊，简直是祈求祝福消灾延寿。第六七愿讲延寿，现在讲消灾愿。
第十大愿“从缚解脱愿”：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所加，缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦，若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
药师如来在因地所发的第十大愿中说：愿我于未来世，得证大菩提时，若诸有情触犯了国法，要为王法所录。古时候国家的法律都由国王制定，称为王法。如今民主时代主权在民，国民的权益要由国法来保障。录是受国家法律的审判，经审判裁定后，以绳索绑缚，先予鞭挞然后紧闭于牢狱之中。有的三五年，也有无期徒刑，终身监禁的，这是视其犯罪轻重，而有刑期长短的差别。倘若犯罪情节更为重大的，根据刑法条例，应处以极刑，而遭杀戮（死刑）以及其余无量种种灾难和凌辱，因而悲伤忧愁，交相煎逼，身心皆感无比的痛苦。慈悲深切的药师如来，特别运用解除众生苦难的一种殊胜方便，使这些受苦受难的人们，如能听闻到我药师如来名号，以我的圆满福德与广大的威德力加被于他们，都能解脱一切灾难和忧愁苦恼。
人生在世，不单单有身体的种种病苦，还有种种灾难凌辱逼迫身心之苦，与之相应是药师佛的第十大愿——帮众生解脱灾难忧苦愿。人生在世灾难很多，有的是自然界发生的，如汶川大地震，东南亚海啸；有些事是人为发生的，如“9·11”恐怖袭击、藏独、疆独等灾难。如让我们碰上，大则性命难保，小则财产损失。现在又发生全球金融风暴，股票贬值，房价下跌，老板跳楼。这些都会让众生灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦。总而言之，人生在世存在着无量的灾难凌辱，不如意事情十之八九，药师佛都能够体察入微。以他福德威德神通之力的缘故，帮助我们从忧悲痛苦中解脱出来。但前提是要以闻药师佛号，深入药师佛愿海，与药师佛时时相应，这样才一定会灾消难除！