药师法门修持方法很多，前面跟大家简单地介绍了一些有关十二大愿的大意，现在我们来谈谈药师专修法门的具体修持方法。大家来这里修法已经三天了，对药师专修法门的修学仪轨也大致熟悉了，但是由于各人的根基不同，学佛的先后不一，当然基础有差异了。我们药师法门的修学跟别的法门一样：
第一种，筑基修持：完成十万声佛号，十万遍药师咒，十万遍礼拜药师佛，十万次供养。这个就是基础，一个最基本的条件，如果缺少它，真的是很难与药师佛感应，除非你善根特别深厚，否则，还是老老实实地完成这个任务，才谈得上后面更高深的修持。当然，这个任务对在座的各位，可能一时半会儿，有点难度，但是吃得苦中苦，方为人上人，我们有几位居士已经顺利地完成了十万声佛号，十万遍药师咒。至于十万次供养，十万遍礼拜药师佛，他们也完成了将近一半，这个需要一点毅力和恒心。十万次供养其实要做到也不难，我们日常生活中的吃、穿、住、用的东西，都可以观想供养药师佛，简单到供一杯清水即可算供养一遍，换水重复供养即可满十万遍，有些弟子发明供养一粒花生算一遍，一碗有一百粒，供完即供养药师佛满一百遍，这方便也可以，但必须诚心供养，观想花生遍满虚空供养药师佛。不是说非要拿钱财去布施，才是供养，只要我们心存欢喜，以慈悲喜舍平等之心，恭敬供养，把每天任务分开来，坚持落实就成了。这样一天天地积累，积少成多，聚沙成塔，功德自然圆满。以下六种药师法门修持，在后面有详细介绍，在这里就不一一介绍了。
第二种，药师法门修持：药师佛七与药师昼夜精进佛七。
第三种，药师禅七：药师禅法集祖师禅、如来禅、秘密禅三大功能。
第四种，药师佛般舟三昧法会。
第五种，药师佛火（烟）供施食法会。
第六种，药师忏法，即依古德高僧依药师法门而做两种忏法。（消灾延寿忏法与药师宝忏）
第七种，药师精进关。
第八种，药师清净精进关：佛教中经常会举行闭关的活动，我这里介绍一下闭关净心的意义。闭关被称为炼金之旅，因为闭关是身居密室，集中时间净心的一种方式，清净眼、耳、鼻、舌、身、意六根，现在社会上很流行。闭药师关即闭关期间或辟谷、止语、禁光，或持八关斋戒等，在关房里用金刚念法诵药师咒，或持药师佛号来修药师禅定，以此感得药师佛相应。若修别的法门，也一样必须经过闭该法门的关才能实修实证。
今日社会充满紧张和压力，许多人向往自在、安详、喜悦，实际上闭关净心课程是一种净化身、心、灵的方法，直接往内体悟自身的实相，让我们能超越自我，回归于生命的中心，回归爱和觉性的源头。炼金——必须把金块放到火里去精炼，让所有不是金子的部分消融殆尽，然后就剩下纯粹的金子了。闭关——不是要折磨身体，而是在身体中创造出生命的火焰，让身体、心灵上的垃圾得到必要的清理。
闭关净心能够去除不纯净的杂质，而当身体和心灵变得完美时，你的身体与心智的力量就苏醒了。“现代医学束手无策，断食法救了我”，日本著名学者甲田光雄博士如是说。辟谷，也称为断食或绝食疗法，它具有无比的功效，从根本上改写身体本能运作程式。断食并不是要摧残身体，而是个净化身体的过程。断食如何净化身体呢？每当断食的时候，身体不用再进行消化食物的工作。在这段时间，身体就可以用来进行消除老死的细胞与毒素，当体内没有食物需要消化，不再吃进任何食物时，身体会自发地进行清理的工作，净化过程会自动展开。身体会开始排除所有不再需要的东西，排除那些成为负担的东西。在一次真正净化性的断食后，你会感到焕然一新，感到更年轻、清澈、轻盈、快乐。而身体机能会比断食前更好，因为已卸下了许多负担，并且身体自动修复和净化，再度充满活力。当身体变得纯净时，你会感到无比新鲜的能量，从你的内在升起，各种新的可能性也会对你敞开，身体中拥有许多潜藏的力量，一旦这些力量苏醒开始流动，你会难以置信自己更加生气勃勃，更有生命力。
闭药师关的真实意义在哪呢？闭关的时候，眼不见色，耳不闻声，鼻不嗅香，舌不知味，出身无知觉，六根直接了断了五根，唯剩下意根的存在，这个时候净心就自动展开了。净心就是和自己连接，当你开始和自己连接的时候，你能够觉知到内在一个宽广、浩瀚的世界，唤醒你内在深层的智慧，获得洞见，开发大爱与慈悲的高等情感；甚至进入小我和药师佛结合在一起的药师禅定境界。当你有过一次直指核心的深度探索，会感悟生命的真谛，就会自动一点一滴地涤净内在烦恼。一个净心的人会有一种宁静、安详与平和，启动内在更真实的生命活力，学习更清醒的生活，使我们能以宁静的心态去面对生活上的紧张和压力，面对生命更大整体自然依存状态。闭关净心能帮我们拭去尘埃，让心灵平静、安适而焕然一新。因此闭关也是一种自我精神疗法，一种全身放松的精神度假，所以石室禅院与真寂寺经常会举办各式闭关禅修活动。